Após a sua fuga de uma prisão alemã, David Robert Jones vai ao FBI, sofrendo os efeitos colaterais do teletransporte ocorrido em "Cofre". Walter menciona que os efeitos colaterais do teletransporte não vão matar Jones, mas farão algo terrível com ele. Como garantia, Jones desenvolveu uma toxina que faz com que os orifícios das pessoas expostas a ela se fechem, sufocando-as. Uma bomba contendo a toxina vai explodir se Olivia não passar em seus testes. O primeiro teste é para desligar uma série de luzes utilizando apenas a mente dela. Jones diz que isso é possível devido a uma droga injetada em Oliva quando ela era criança, chamada Cortexiphan, criada por William Bell e patenteada pela Massive Dynamic. A equipe descobre um manuscrito, que explica as letras ZFT (Zerstörung durch Fortschritte der Technologie, "Destruição pelo avanço da tecnologia"), que é essencialmente uma Bíblia para Jones e seus seguidores. De acordo com o manuscrito, há um conflito entre o nosso mundo e um universo paralelo. Jones quer Olivia como uma "recruta" e os testes são parte do processo de seleção. Inicialmente, Olivia acredita que Jones está brincando com ela e se recusa a cooperar, mas quando ela é forçada a desarmar a bomba da mesma forma como o teste, ela consegue. Jones é levado a um hospital para se tratar. No entanto, quando Olivia chega lá, os enfermeiros estam em pânico e Jones desapareceu deixando um buraco em uma parede externa e a frase "You Passed" ("Você Passou") escrita na parede. Depois, Olivia recebe confirmação de Nina Sharp, que ela de fato foi vítma de experimentos com Cortexiphan quando era criança. No final do episódio, Walter descobre que a letra "y" no documento ZFT está quebrada, assim como a da máquina de escrever no laboratório, indicando que ele ou William Bell foi o autor do manifesto.